Ve výchozím nastavení, když virtuální server spustí skripty PHP jako vlastník serveru, Virtualmin zkopíruje globální konfigurační soubor PHP systému (obvykle `/etc/php.ini` ) do adresáře `~/etc` v doméně. To umožňuje, aby byly možnosti PHP nastaveny odlišně pro jednotlivé servery.

Toto nastavení lze použít k zadání jiné cesty ke kopírování základního konfiguračního souboru PHP. Kromě toho můžete v tomto souboru šablony použít substituce Virtualmin jako ${DOM}, které budou při kopírování nahrazeny. Mezi další dostupné substituce patří:

`${DOM}` | Název domény, například `foo.com`
`${USER}` | Přihlašovací údaje pro správu serveru, například `foo`
`${HOME}` | Domovský adresář serveru, například `/home/foo`
`${EMAILTO}` | Kontaktní e-mailová adresa virtuálního serveru

Kromě toho lze použít podmíněné bloky jako ${IF-MAIL} ... ${ENDIF-MAIL} a ${IF-WEB} ... ${ELSE-WEB} ... {$ENDIF-WEB} .