Det er mulig å fullstendig tilpasse Apache-direktivene som legges til når en ny virtuell server opprettes. Variabel substitusjon utføres for alle de virtuelle virtualmin-malvariablene. Forsiktighet bør utvises med Apache-direktiver, ettersom noen presenterer sikkerhetsproblemer. Apache-dokumentasjonen og i mindre grad Apache-seksjonene i Webmin-dokumentasjonen kan konsulteres for å finne mer informasjon om Apache-konfigurasjon.