Som standard, når en virtuell server kjører PHP-skript som serverens eier, vil Virtualmin kopiere systemets globale PHP-konfigurasjonsfil (vanligvis `/etc/php.ini` ) til domenets `~/etc` katalog. Dette gjør det mulig å angi PHP-alternativer på en per-server-basis.

Denne innstillingen kan brukes til å angi en annen bane for den grunnleggende PHP-konfigurasjonsfilen som skal kopieres. I tillegg kan du bruke Virtualmin-erstatninger som ${DOM} i denne malfilen, som blir erstattet når den kopieres. Andre tilgjengelige erstatninger tilgjengelig inkluderer:

`${DOM}` | Domenenavnet, for eksempel `foo.com`
`${USER}` | Serverens administrasjonspålogging, for eksempel `foo`
`${HOME}` | Serverens hjemmekatalog, som `/home/foo`
`${EMAILTO}` | Den virtuelle serverens e-postadresse for kontakt

I tillegg kan betingede blokker som ${IF-MAIL} ... ${ENDIF-MAIL} og ${IF-WEB} ... ${ELSE-WEB} ... {$ENDIF-WEB} brukes.