V predvolenom nastavení, keď virtuálny server spúšťa PHP skripty ako vlastník servera, Virtualmin skopíruje globálny konfiguračný súbor PHP systému (zvyčajne `/etc/php.ini` ) do adresára `~/etc` To umožňuje nastaviť možnosti PHP odlišne na základe jednotlivých serverov.

Toto nastavenie možno použiť na zadanie inej cesty pre skopírovanie základného konfiguračného súboru PHP. Okrem toho môžete v tomto súbore šablóny použiť substitúcie Virtualminu, ako napríklad ${DOM}, ktoré budú po skopírovaní nahradené. Medzi ďalšie užitočné substitúcie patria:

`${DOM}` | Názov domény, napríklad `foo.com`
`${USER}` | Administračné prihlásenie servera, ako napríklad `foo`
`${HOME}` | Domovský adresár servera, napríklad `/home/foo`
`${EMAILTO}` | Kontaktná e-mailová adresa virtuálneho servera

Okrem toho možno použiť podmienené bloky ako ${IF-MAIL}...${ENDIF-MAIL} a ${IF-WEB}...${ELSE-WEB}...{$ENDIF-WEB} .