Dosya Yöneticisi, sunucudaki dosya sisteminin çift bölmeli göz atılabilir bir görünümünü sağlayan gelişmiş bir Java uygulamasıdır. Webmin'in en güçlü özelliklerinden biridir ve deneyimsiz kullanıcıların bile dosyaları, dizinleri ve izinleri yönetmesine, metin dosyalarını düzenlemesine, dosya yüklemesine ve indirmesine ve çok daha fazlasına izin verir. Varsayılan olarak, etki alanı sahibi yalnızca kendi dizinini ve alt dizinlerini görebilir.