Le gestionnaire de fichiers est une applet Java avancée qui fournit une vue consultable à double volet du système de fichiers sur le serveur. C'est l'une des fonctionnalités les plus puissantes de Webmin et permet même aux utilisateurs inexpérimentés de gérer des fichiers, des répertoires et des autorisations, de modifier des fichiers texte, de télécharger et de télécharger des fichiers, et bien plus encore. Par défaut, le propriétaire du domaine ne pourra voir que son propre répertoire et ses sous-répertoires.