Táto možnosť určuje, či bude mať vlastník domény prístup k modulu Custom Commands Webmin. Pomocou modulu Custom Commands môžete rozšíriť Webmin bez toho, aby ste museli programovať nový modul. Vlastný príkaz môže spustiť akýkoľvek príkaz v systéme s akýmikoľvek voľbami, ktoré určíte. K dispozícii je aj náhrada premenných, takže používateľ spúšťajúci príkaz môže príkazu poskytnúť vstupné alebo voliteľné argumenty a príkaz je možné spustiť ako prihlásený používateľ Webmin alebo ako ktorýkoľvek používateľ v systéme (vrátane root, ale musí byť opatrne!). Toto je veľmi výkonná funkcia Webmin, ktorá vám umožňuje pridať nové „tlačidlá“, ktoré vykonávajú funkcie špecifické pre vaše prostredie alebo ku ktorým môžu potrebovať prístup niektorí vaši používatelia.