O Gerenciador de arquivos é um miniaplicativo Java avançado que fornece uma visualização de navegação em painel duplo do sistema de arquivos no servidor. É um dos recursos mais poderosos do Webmin e permite que usuários inexperientes gerenciem arquivos, diretórios e permissões, editem arquivos de texto, enviem e baixem arquivos e muito mais. Por padrão, o proprietário do domínio poderá ver apenas seu próprio diretório e subdiretórios.