Správca súborov je pokročilý Java applet, ktorý poskytuje dvojpanelový prehliadateľný pohľad na súborový systém na serveri. Je to jedna z najvýkonnejších funkcií Webminu a umožňuje aj neskúseným používateľom spravovať súbory, adresáre a povolenia, upravovať textové súbory, nahrávať a sťahovať súbory a oveľa viac. V predvolenom nastavení bude vlastník domény vidieť iba svoj vlastný adresár a podadresáre.