Możliwe jest całkowite dostosowanie dyrektyw Apache, które są dodawane podczas tworzenia nowego serwera wirtualnego. Podstawianie zmiennych jest wykonywane dla wszystkich standardowych zmiennych szablonu Virtualmin. Należy zachować ostrożność z dyrektywami Apache, ponieważ niektóre z obecnych problemów bezpieczeństwa. Dokumentację Apache oraz, w mniejszym stopniu, sekcje Apache dokumentacji Webmin można znaleźć, aby znaleźć więcej szczegółów na temat konfiguracji Apache.