Domyślnie, gdy serwer wirtualny uruchamia skrypty PHP jako właściciel serwera, Virtualmin skopiuje globalny plik konfiguracyjny PHP systemu (zwykle `/etc/php.ini` ) do katalogu `~/etc` domeny. Pozwala to na różne opcje PHP dla poszczególnych serwerów.

To ustawienie może być użyte do wprowadzenia innej ścieżki do skopiowania podstawowego pliku konfiguracyjnego PHP. Ponadto w tym pliku szablonu można użyć podstawień Virtualmin, takich jak ${DOM}, które zostaną zastąpione podczas kopiowania. Inne przydatne dostępne substytucje obejmują:

`${DOM}` | Nazwa domeny, na przykład `foo.com`
`${USER}` | Login administratora do serwera, na przykład `foo`
`${HOME}` | Katalog domowy serwera, na przykład `/home/foo`
`${EMAILTO}` | Kontaktowy adres e-mail serwera wirtualnego

Ponadto można stosować bloki warunkowe, takie jak ${IF-MAIL} ... ${ENDIF-MAIL} i ${IF-WEB} ... ${ELSE-WEB} ... {$ENDIF-WEB} .