Direktívy Apache, ktoré sa pridávajú pri vytváraní nového virtuálneho servera, je možné úplne prispôsobiť. Substitúcia premenných sa vykonáva pre všetky štandardné premenné šablóny Virtualmin. Treba si dávať pozor na direktívy Apache, pretože niektoré predstavujú bezpečnostné problémy. Viac podrobností o konfigurácii Apache nájdete v dokumentácii Apache av menšej miere v sekciách Apache v dokumentácii Webmin.