Ta opcja określa, czy właściciel domeny będzie miał dostęp do modułu Webmin Niestandardowe komendy. Za pomocą modułu poleceń niestandardowych możesz rozszerzyć Webmina bez konieczności programowania nowego modułu. Polecenie niestandardowe może uruchomić dowolne polecenie w systemie z dowolnymi określonymi opcjami. Dostępna jest również zamiana zmiennych, dzięki czemu użytkownik uruchamiający polecenie może podać argumenty wejściowe lub opcjonalne dla polecenia, a polecenie można uruchomić jako zalogowany użytkownik Webmin lub jako dowolny użytkownik w systemie (w tym root, ale być ostrożnie z tym!). Jest to bardzo potężna funkcja Webmina, pozwalająca dodawać nowe „przyciski”, które wykonują funkcje specyficzne dla twojego środowiska lub do których niektórzy użytkownicy mogą potrzebować dostępu.