Tato volba určuje, zda vlastník domény bude mít přístup k modulu Webmin Custom Commands. Pomocí modulu Uživatelské příkazy můžete Webmin rozšířit, aniž byste museli programovat nový modul. Vlastní příkaz může v systému spustit libovolný příkaz s libovolnými možnostmi, které zadáte. Náhrada proměnné je také k dispozici, takže uživatel, který příkaz spouští, může příkazu poskytnout argumenty vstupu nebo volby a je možné spustit příkaz jako přihlášený uživatel Webmin nebo jako uživatel v systému (včetně root, ale být pozor na to!). Toto je velmi výkonná funkce Webminu, která vám umožňuje přidávat nová „tlačítka“, která vykonávají funkce specifické pro vaše prostředí nebo k nim někteří uživatelé potřebují přístup.