Bu seçenek, etki alanı sahibinin Özel Komutlar Webmin modülüne erişip erişemeyeceğini belirtir. Özel Komutlar modülü ile yeni bir modül programlamak zorunda kalmadan Webmin'i genişletebilirsiniz. Özel bir komut, sistemdeki herhangi bir komutu belirttiğiniz seçeneklerle çalıştırabilir. Komutu çalıştıran kullanıcının komuta girdi veya seçenek bağımsız değişkenleri sağlayabilmesi için değişken değiştirme de kullanılabilir ve komutu oturum açmış Webmin kullanıcısı olarak veya sistemdeki herhangi bir kullanıcı olarak (root dahil olmak üzere, ancak dikkatli olun!). Bu, Webmin'in çok güçlü bir özelliğidir ve ortamınıza özgü işlevler gerçekleştiren veya bazı kullanıcılarınızın erişmesi gerekebilecek yeni "düğmeler" eklemenize olanak tanır.