È possibile personalizzare completamente le direttive Apache che vengono aggiunte quando viene creato un nuovo server virtuale. La sostituzione delle variabili viene eseguita per tutte le variabili standard del modello Virtualmin. Bisogna fare attenzione con le direttive Apache, come alcuni problemi di sicurezza presenti. La documentazione di Apache e, in misura minore, le sezioni Apache della documentazione di Webmin possono essere consultate per trovare maggiori dettagli sulla configurazione di Apache.