Správce souborů je pokročilý applet Java, který poskytuje dvojitě posouvatelné zobrazení systému souborů na serveru. Je to jedna z nejvýkonnějších funkcí Webminu a umožňuje i nezkušeným uživatelům spravovat soubory, adresáře a oprávnění, upravovat textové soubory, nahrávat a stahovat soubory a mnoho dalšího. Ve výchozím nastavení bude vlastník domény moci vidět pouze svůj vlastní adresář a podadresáře.