Menedżer plików to zaawansowany aplet Java, który umożliwia przeglądanie systemu plików na serwerze z podwójnym panelem. Jest to jedna z najpotężniejszych funkcji Webmina i pozwala nawet niedoświadczonym użytkownikom zarządzać plikami, katalogami i uprawnieniami, edytować pliki tekstowe, przesyłać i pobierać pliki i wiele więcej. Domyślnie właściciel domeny będzie mógł zobaczyć tylko własny katalog i podkatalogi.