Dette alternativet spesifiserer om domeneeieren skal ha tilgang til Webmin-modulen for tilpassede kommandoer. Med tilpassede kommandoer-modulen kan du utvide Webmin uten å måtte programmere en ny modul. En tilpasset kommando kan kjøre hvilken som helst kommando på systemet med alle alternativene du angir. Variabel erstatning er også tilgjengelig slik at brukeren som kjører kommandoen kan gi inndata- eller opsjonsargumenter til kommandoen, og det er mulig å kjøre kommandoen som den innloggede Webmin-brukeren, eller som hvilken som helst bruker på systemet (inkludert root, men være forsiktig med det!). Dette er en veldig kraftig funksjon i Webmin, slik at du kan legge til nye "knapper" som utfører funksjoner som er spesifikke for miljøet ditt, eller som noen av brukerne dine kan trenge tilgang til.